Bahrainin saaren sijainti Persianlahden kauppareittien varrella loi alueella yli 5000 vuotta sitten vaikuttaneen Dilmunin kauppiasvaltion hyvinvoinnin pohjan. Mesopotamian ja Induksen jokilaakson kauppa kulki valtion halki ja hyvinvointinsa huipulla noin 1500 eKr. Dilmun piti hallussaan Persianlahden rannikkoa aina Kuwaitiin saakka.

Dilmunin loiston hiivuttua Bahrain joutui aluksi Babylonin, sitten Omayad- ja lopulta Abbasidi-dynastian haltuun. Abbasidit toivat maahan shiialaisen islamin ja palauttivat saaren kaupallisen merkityksen niin kauppapaikkana, kuin helmenkalastuksen keskuksena.

Alue päätyi lopulta Persian haltuun ja vasta vuonna 1783 nykyisen hallitsijasuvun jäsenet onnistuivat karkottamaan persialaiset maasta, vain joutuakseen muutaman vuoden sisällä Omanin miehittämäksi. Oman piti Bahrainia hallussaan vuoteen 1820 asti, jolloin AL Khalifan hallitsijasuku palasi maanpaosta ja otti vallan. Iso-Britannia solmi hallitsijan kanssa useita Bahrainin suvereniteettia rajoittavia sopimuksia ja lopulta päätyi niin sanotun "Exclusive Arrangementin" pohjalta vastaamaan Bahrainin ulkopolitiikasta.

Vuonna 1925 Bahrainista tuli ensimmäinen maa Persianlahdella josta löydettiin öljyä. Saaren korostunut merkitys ja lisääntyvä vauraus nostivat suurvaltojen mielenkiintoa aluetta kohtaan ja Iso-Britannia siirsi ensin Persianlahden laivastonsa esikunnan, ja myöhemmin kuvernöörin virastonsa Manamaan. Suurten öljyvarojensa ansiosta Bahrainin on ollut mahdollista rakentaa moderni infrastruktuuri ja panostaa myös kansantaloutensa monipuolistamiseen ja väestön koulutustasoon.

Maa itsenäistyi lopullisesti vasta vuonna 1971 kuuluttuaan sitä ennen vastaperustettuun Arabiemiirikuntien Liittoon. 1990-luvun alussa lisääntyneet demokratiavaatimukset ovat johtaneet vain kosmeettisiin muutoksiin maata perinteisen absoluuttisena yksinvaltiaana hallitsevan Al-Khalifan ja muodollisen kansankokouksen välillä. Bahrain on tukenut länsimaita kiistoissa Irakia ja Irania vastaan ja maassa sijaitsee Yhdysvaltain viidennen laivaston päämaja.